Vào lúc bắt đầu cuộc chiến tranh Tây Ban Nha - Mỹ, Trung úy Pershing phục vụ cho Sư đoàn kỵ binh số 10; ông đã chiến đấu tại Kettle và Đồi San Juan ở Cuba, và biểu dương cho sự dũng cảm. Năm 1919, ông được trao huân chương Silver Citation Star cho những hành động này. Pershing cũng tham gia trong cuộc bao vây và đầu hàng của Tây ban nha tại Santiago de Cuba.

Vào tháng 3 năm 1899, sau khi bị sốt rét, Pershing được giao nhiệm vụ của Cục Hải quan và Nội vụ, giám sát lực lượng chiếm đóng ở các vùng lãnh thổ đã dành được trong cuộc chiến tranh Tây Ban Nha - Mỹ, bao gồm Cuba, Puerto Rico, Philippines và Guam. Ông được giao nhiệm vụ mới vào ngày 6 tháng 6 năm 1899, lần này là trợ lý tham mưu.

Khi chiến tranh Philippines-Mỹ bắt đầu, Pershing báo cáo tình hình Manila vào ngày 17 tháng 8 năm 1899, và giao cho Bộ phận quản lý Mindanao và Jolo, ông chỉ huy các nỗ lực để ngăn chặn cuộc nổi dậy Philippines. Ông được vinh danh vì hành động dũng cảm trên sông Cagayan trong khi cố gắng phá hủy một thành trì của Philippines tại Macajambo.

Vào ngày 30 tháng 6 năm 1901, Pershing trở lại với cấp bậc của đội trưởng trong Quân đội. Ông phục vụ dưới Trung đoàn Kỵ binh số 1 ở Philippines. Sau đó ông được điều vào Trung Đoàn Kỵ Binh số 15, với nhiệm vụ là một viên chức tình báo và tham gia các hành động chống lại người Moros. Ông được vinh danh vì lòng dũng cảm ở Hồ Lanao. Vào tháng 6 năm 1901, ông là quản lý Trại Vicars ở Lanao, Philippines.